Newest papers

Real PMIDs, Wrong Papers: Harness Design for Biomedical Claim-Verification Agents

Mohammed Saqlain · 2026 · arXiv (Cornell University)

DOI: 10.48550/arxiv.2610.29812 · cited by 0 works (OpenAlex) · open-access PDF

Vietnamese

Các đại lý tìm kiếm ngôn ngữ văn học đang trở thành một thành phần tiêu chuẩn của các trợ lý khoa học cho các khoa học đời sống, nhưng có rất ít bằng chứng kiểm soát về những phần nào của các đại lý của họ liên quan. Chúng tôi chạy một kiểm soát ablation về xác minh yêu cầu y tế sinh học (SciFact) với API PubMed trực tiếp như là công cụ duy nhất. Giữ xương sườn và định dạng đầu ra cố định, chúng tôi so sánh bốn bộ phận: trả lời sách khép kín, thu thập một lần bằng cách sử dụng yêu cầu như là công cụ phát hành, một đại lý kiểu ReAct viết các truy vấn PubMed của riêng mình, và một oracle cho các trích dẫn vàng, mỗi với hai bộ phận biên giới hiệu quả. Naive-shot retrieval tìm thấy giấy vàng cho chỉ 6% yêu cầu và biến các lỗi quá tự tin

Machine translation (Meta M2M100); the English original follows.

Abstract

Literature-searching language agents are becoming a standard component of scientific assistants for the life sciences, yet there is little controlled evidence on which parts of their harness matter. We run a controlled ablation on biomedical claim verification (SciFact) with the live PubMed API as the only tool. Holding the backbone and output format fixed, we compare four harnesses: closed-book answering, single-shot retrieval using the claim as the query, a ReAct-style agent that writes its own PubMed queries, and an oracle given the gold abstracts, each with two efficient frontier backbones. Naive single-shot retrieval finds the gold paper for only 6% of claims and turns overconfident errors into abstentions without improving accuracy. Letting the model formulate its own queries triples gold recall and yields the best verdicts (62% accuracy vs. 49-59% for the other realistic harnesses), although these differences are not significant at our sample size and agents use fewer than half of their search budget. With gold abstracts, the same models reach 79-86% accuracy, a significant 17-24 point gap showing that retrieval, not reasoning, is the main bottleneck. Finally, a citation audit shows that closed-book models cite PubMed IDs that almost always exist (327/335) but are almost never relevant: a cross-family LLM judge rates only 3 of 327 existing citations as relevant to the claim, versus 67% for citations produced by the search agent. Existence checks are therefore insufficient safeguards for scientific agents. We release code, prompts, and all cached tool calls at https://github.com/saqlain2204/real-pmids-wrong-papers.

Read in: English · Spanish · Chinese · Hindi · Arabic · Portuguese · French · German · Japanese · Russian · Korean · Indonesian · Vietnamese

Topics: Oracle, Computer science, Point (geometry), Gold standard (test), Information retrieval, Audit

Is this paper real? This page was built from OpenAlex and arXiv records, not generated. Software can verify any reference in one call: GET https://store.agentexchange.work/gw/papers/verify?title=...&year=... (0.003 USD), fetch this record as JSON with /gw/papers/paper?id=2610.29812, or list what it cites with /gw/papers/references?id=.... Pay per call in USDC (x402) or with a 19 USD card key for 1,000 calls. Catalogue · llms.txt

Sources: OpenAlex (CC0), arXiv, Crossref. Agent Exchange